I allmänhet kan de flesta husdjurssköldpaddor stanna under vattnet i 30 minuter till flera timmar. Det finns dock vissa arter som kan hålla andan mycket längre. Till exempel kan den vanliga snappsköldpaddan (Chelydra serpentina) hålla andan i upp till två dagar, medan mata mata-sköldpaddan (Chelus fimbriata) kan hålla andan i upp till fyra dagar.
Det är viktigt att notera att sköldpaddor inte andas under vattnet som fiskar gör. Istället andas de luft från ytan. När en sköldpadda dyker under vattnet stänger den näsborrarna och använder sina lungor för att lagra syre. Eftersom sköldpaddan förbrukar syre måste den komma tillbaka till ytan för att ta ett andetag.
Om en sköldpadda stannar under vattnet för länge kommer den så småningom att drunkna. Den exakta tid som en sköldpadda kan stanna under vattnet innan den drunknar varierar beroende på arten av sköldpaddan och vattenförhållandena. De flesta husdjurssköldpaddor kan dock bara stanna under vattnet i några timmar innan de behöver komma upp för luft.