Reptiler har ett unikt andningssystem som har utvecklats under miljontals år. De har lungor, men de är inte lika komplexa som hos däggdjur eller fåglar. Istället för att ha en stor lunga, har reptiler två mindre lungor som finns på vardera sidan av hjärtat. Dessa lungor är fyllda med luft genom luftstrupen, som är ett rör som förbinder lungorna med mun och näsa.
Lungorna hos reptiler är kantade med små luftsäckar som kallas alveoler. Dessa alveoler är där gasutbytet äger rum. Syre från luften tas upp i blodbanan genom alveolerna, medan koldioxid frigörs från blodbanan till lungorna.
Reptiler har också ett speciellt organ som kallas glottis, som ligger längst bak i halsen. Glottisen styr luftflödet in i och ut ur lungorna. När glottisen är öppen kan luft strömma in och ut ur lungorna. När glottisen är stängd hindras luft från att komma in i lungorna.
Reptiler använder sina lungor för att andas, men de använder också sin hud för att absorbera syre. Huden på reptiler är tunn och täckt av fjäll, vilket tillåter syre att passera igenom. Det betyder att reptiler kan ta upp syre från luften runt dem, även när de inte andas.