Även om de är åtskilda av miljontals år av evolutionär historia, är de flesta fiskar och reptiler ryggradsdjur som delar ett antal liknande egenskaper, inklusive närvaron av kotpelare och fjäll, såväl som ektotermiska metabolismer. Men eftersom båda grupperna är mycket speciella finns det många undantag.
Både reptiler och fiskar är ryggradsdjur, och de flesta arter har en serie ben som omsluter och skyddar deras ryggmärg. Vissa grupper, som hajar och rockor, har ersatt ben med brosk under sin evolutionära historia, men de är fortfarande fast kapslade i ryggradsdjurets släktträd.
En annan egenskap som är gemensam för alla ryggradsdjur är närvaron av ett centralt nervsystem som består av en hjärna och nätverk av nerver. Dessa nerver kontrollerar djurets rörelse och vidarebefordrar information om den yttre världen till djurets hjärna. Alla levande ryggradsdjur har också ett antal andra gemensamma egenskaper, inklusive förekomsten av gälar någon gång i livet. Men medan fiskar behåller sina gälar under hela sitt liv, tappar reptiler sina gälar medan de fortfarande är i embryonalstadiet.
De flesta reptiler och fiskar bär fjällande yttre höljen, även om undantag finns i båda kategorierna. Till exempel har havskatt inga yttre fjäll och ormar uppvisar ibland en genetisk mutation där de misslyckas med att producera fjäll. Forskare antar att vågen ger ett antal fördelar för djuren som bär dem, inklusive skydd och ökade hastigheter.
Fiskfjäll och reptilfjäll är dock inte homologa - vilket betyder att de inte härrör från samma embryonala vävnader. Fiskar har fjäll som härrör från dermal - benig - vävnad och har en något liknande sammansättning som ben. Sköldpaddor och krokodiler har också hudfjäll, men de uppstår via en annan process. Ormar och ödlor bär keratiniserade fjäll, som bildas inifrån epidermis eller hudvävnad.
Som en påminnelse om deras evolutionära historia har fåglar, som är fylogenetiskt en del av reptilsläktträdet, också fjäll på fötterna. Dessa fjäll bildas från epidermis, ungefär som de hos ormar och ödlor.
De flesta reptiler och fiskar är ektotermiska eller "kallblodiga" djur, vilket innebär att deras kroppstemperatur fluktuerar med omgivningens. För att höja sin kroppstemperatur måste många reptiler sola sig; fiskar kan sällan termoreglera med denna metod, tack vare den homogena naturen i deras livsmiljö. Istället måste de ändra sitt beteende för att matcha den omgivande temperaturen, snarare än att manipulera deras inre temperatur. I allmänhet uppvisar ektotermiska djur högre aktivitetsnivåer, äter mer och växer snabbare vid högre temperaturer, samtidigt som de blir slöa och slutar äta vid lägre temperaturer.
Det finns undantag från denna allmänna trend. Havssköldpaddor i läder (Dermochelys coriacea ), till exempel, har ett lågt förhållande mellan yta och volym och tjockt lager av fett, vilket isolerar dem mycket bra. Följaktligen håller de ofta kroppstemperaturen över det omgivande vattnets. Dessutom vissa fiskar, som månfisk (Lampris guttatus ), tonfisk (Thunnus spp.) och makrillhajar (Lamnidae) uppvisar anpassningar som gör att de kan bibehålla förhöjda kroppstemperaturer.
